Anfangslocator muss an der gleichen Position wie der Pivot des Objektes sein, das ist aber normal.

Physicalize Einstellungen brauchst du nicht, solange der Bone ein "rope" im Namen hat, wird er automatisch physikalisiert, das berechnet die Engine beim Export selbst.

Das mit den Vertexfarben wusste ich nicht. O.o Scheint ja ganz cool zu sein, das müsstest du mir nochmal detaillierter erklären, oder ein Tutorial posten (ich benutze nur 3DS Max!), im Skinnen war ich schon immer schlecht, weil ich das Prinzip dahinter zwar verstehe, es aber nicht anwenden kann.

PS: Ein Tipp für dich, wieso erstellst du die Flagge nicht einfach als Plane, benutzt Vertexcolors um ein Rand zu fesitgen, positionierst das ganze dann am Schiff und linkst das daran?