Ich hoffe auch inständig das die Storylücken zwischen 1 und 2 spätestens mit dem dritten Teil gefüllt werden um wirklich ein "ganze" Geschichte zu erhalten.

Ich nehme mal an das Prophet als einziger den Kampf auf der vereisten Insel überlebt hat, nachdem Psycho und Nomad sich dort mit ihm wieder getroffen haben.
Dort hat er dann herausgefunden das der Nanosuit mehr ist als nur ein Kampfanzug, im Spiel sagt er ja irgendwas von symbiotischer Waffe oder so, und das die Aliens die ganze Zeit überall auf der Welt an bestimmten Orten unter der Erde waren.
Allein hat er dann Hargreave Bericht erstattet und sich danach auf die Suche der Aliens gemacht hat, ist auch im Central Park fündig geworden.
Das er den neuen Nanosuit hat könnte entweder einfach ne Designänderung sein oder er hat die neue Version bekommen als er zurückkam.

@doc
Seine Erinnerung und ein Teil von ihm müssten im Anzug weiterleben, schließlich sieht man ein zwei Mal sein digitalisiertes Gesicht und hört seine Stimme. Mit den vollständigen Erinnerungen die Alcatraz am Ende von Prophet hat, ist er letztlich zu ihm geworden, sprich hat seine Identität angenommen.