Zu den Decks: die waren leicht gräulich, da sie täglich mit Salzwasser geschrubbt wurden, zusammen mit der Sonneneinstrahlung dürfte das wohl ziemlich die Farbe aus dem Holz gezogen haben. Schick Dir heut abend mal ein paar Beispielbilder.
Beim Rumpf bin ich mir mit dem blass nicht so sicher, die Bereiche, die nicht farbig gestrichen worden sind, bekamen einen speziellen durchsichtigen Anstrich, eine Art Lasur (Fachbegriff hab ich leider vergessen) aus Harz als Schutz gegen Meer/Regenwasser, was das Holz ziemlich dunkel werden lies. Die Decks hat man nicht mit diesem Anstrich versehen, da der durch das ständige schrubben sowieso abgegangen wär.
Google mal Batavia Replica, da dürfte ein paar schöne Beispielbilder dabei sein.
Kurz zu Farbanstrichen bis ungefähr 1800 generell: Blau würd ich vermeiden, da es damals extrem teuer war und nur für Prestigeschiffe wie königliche Yachten und 1st Rates verwendet wurde.
Rot, Schwarz und Ocker waren wohl die gängigsten Farben, welcher Bereich des Rumpfs damit angestrichen wurde, hängt von der Nationalität des Schiffs bzw. der Zeitperiode ab. Bis 1800 wurden aber bei den allermeisten Kriegsschiffen die inneren Schanzkleider rot angestrichen. Grüne Farbe am Rumpf kenn ich nur von holländischen bzw. russischen Schiffen. Ab 1800 wurde es aber auch von anderen Marinen für die inneren Schanzkleider verwendet (z.b. US Navy).
Wie intensiv die Farben dann waren, lässt sich heute wohl nicht mehr klären, besonders wenn die Schiffe längere Zeit auf See waren, dürfte es wohl leicht verwaschen ausgesehen haben. 'Ersatzfarben' hatten aber die meisten Schiffe v.a. auf längeren Reisen aber mit an Bord, schließlich erfüllte der Anstrich auch eine Schutzfunktion.
Interessant in diesen Zusammenhang ist auch, dass die Holländer im 17.Jhdt. stark eisenhaltige Farben verwendeten, die im Sonnenlicht extrem kräftig wirkten. Ob sich das im 18.Jhdt. fortsetzte oder ob andere Nationen das auch so handhabten woas i leida ned :P
Gängigster Anstrich unterhalb der Wasserlinie dürfte wohl Brown oder Black Stuff gewesen sein, White Stuff sieht aber natürlich hübscher aus. Dabei wär zu beachten, das das "Stuff" meistens nicht nur ein einfacher Anstrich war, sonder ein 'Sandwich' aus extra Lagen dünner Planken und Stoff, der mit allerei giftigen Zeug getränkt wurde, um Bohrwürmer und Muscheln abzuhalten. Diese Art des Unterbodenschutzes wurde dann sukzessive durch copper plating ersetzt (erste Experimente damit in den 1770igern, auf breiter Front so ungefähr ab 1790). Allerdings hatten eigentlich nur die Engländer die finanziellen und logistischen Mittel, sehr viele ihrer Schiffe mit diesem sehr teurem Schutz zu versehen.
EDIT: Hier ein paar zeitgenössische Gemälde englischer Schiffe 1740-1790 (übrigens: auf Modelle würde ich mich bei der Farbgebung nicht zur Gänze verlassen, da sie auch Repräsentationszwecke erfüllten und daher besonders 'prächtig' aussehen sollten)