Das geht, da der Regen ein Partikeleffekt ist welche man ja über Flowgraphs (de)aktivieren kann. Das Problem dabei ist das es für fast alle Objekte verschiedene Texturen(layer) gibt je nachdem sie nass oder trocken sein sollen. Du dürtest also keinen Brush in dem Abschnitt den man nass und trocken sieht benutzen sondern nur Entities und diesen müsstest du so weit ich weis über FGs jeweils den nassen oder trockenen Layer zuweisen, je nachdem ob es gerade regnet oder nicht. Ich bin mir nicht sicher ob das die Mühe wert ist;)
Das dürfte wohl das Rope sein, zu finden in der RollupBar unter "Misc".
Du kannst es mit Voxeln machen oder in der Modify-Palette unter "Holes" gucken. Damit kannst du Löcher in das Terrain schneiden und einen von den Tunnels rein setzen. Falls da noch lücken entstehen sollten kannst du diese z.B. mit Steinen verschließen.
Das kannst du aber auch in jeder Map nachgucken wo es derartiges gibt,
z.B. ToDs bei island (die du ja selbst erwähnt hast), Stromkabel bei SteelMill, Feuerschaden bei harbor, Tunnel bei Beach oder Mesa.
Am meisten lernt man wenn man sich anguckt wie die Experten das gemacht haben;)
€:Mist, war wieder zu langsam-.-