Ach so.
Ich habe ein ähnliches Problem bei Systemabstürzen. Dann verschluckt sich der Raid-Controller irgendwie und braucht beim Initialisieren der Platten extrem lange. Da hilft nur das komplette Ausschalten des Rechners.
Allerdings passiert das bei mir nicht beim normalen Runterfahren, sondern nur bei unvorhergesehenen Crashes und dort auch nicht immer.

Dieses Phänomen hatte ich nun schon bei zwei unterschiedlichen Rechnern. Bei dem Einen hat sich der Controller sogar so verschluckt, dass ich ihn nur wieder in einen definierten Zustand bringen versetzen konnte indem ich das Netzteil vom Strom getrennt und alle Kondensatoren entladen habe. Danach funktionierte der Controller wieder.

Ich weiß allerdings nicht, ob der Raid-Controller bei dir auch die Ursache ist, denn dein Problem unterscheidet isch ja schon ein wenig.