Patche:
Patch v1.4 - 32Bit - FULL
Community Patch v1.6 - 32Bit - FULL
Als Spieler steuert man die Hauptfigur des Spiels, Jack Carver, ehemaliger Elite-Soldat der US Marines, der sich zur Ruhe gesetzt hat und sein Geld nun mit Bootsfahrten in Mikronesien (Südpazifik) verdient. Er soll die Journalistin Valerie Constantine zu einer nicht auf Karten verzeichneten Inselgruppe bringen, da Valerie dort angeblich Bilder von japanischen Ruinen aus dem Zweiten Weltkrieg machen will. Bei der Rückfahrt von der Insel wird Carvers Boot jedoch (mit einer Panzerfaust) beschossen und versenkt. Unter Beschuss von unbekannten Söldnern wird er in eine Höhle gespült. Ab diesem Zeitpunkt hat man als Spieler die Kontrolle über die Figur. Im ersten Level findet man ein Funkgerät, über das sich die mysteriöse Figur Harlan Doyle meldet. Er informiert den Spieler über seine Lage und hilft mit nützlichen Hinweisen. Zu Beginn des Spieles steht die Suche nach der gefangenen Valerie im Vordergrund, später ist Jacks Ziel die Flucht von den Inseln. Doyle unterstützt Jack außerdem mit wichtigen Informationen über feindliche Kräfte, wie sie geschwächt und sabotiert werden können und schmuggelt ihn manchmal sogar auf einem Boot durch Patrouillen. Doch belässt Doyle Jack über seine eigene Funktion auf den Inseln im Dunkeln und vertieft die gegebenen Informationen nicht weiter.
Im Laufe des Spiels findet man im Inneren der Inseln geheime Forschungslabore der Krieger Corporation, in denen Mutanten (so genannte Trigene), die mit einer das Erbgut verändernden Substanz (einem Mutagen) behandelt wurden, gezüchtet werden. Durch einen Unfall kamen jedoch eine Menge dieser mutierten Wesen frei und so werden sie als eine Art dritte Fraktion sowohl für die Söldner als auch für den Spieler selbst zu einer mörderischen Gefahr.
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