Von Crytek aus gibt es Support für 3dsmax, Maya und XSI (nicht ganz aktuell).
Zusätzlich wird von der Community ein mittlerweile ziemlich gutes Google Sketchup plugin angeboten.
Momentan ist auch gerade ein Plugin in der Entwicklung für Blender (http://www.crydev.net/newspage.php?news=89611)
Mit anderen Programmen kannst du natürlich auch arbeiten, nur müssen sie die Möglichkeit besitzen (idealerweise) nach 3dsmax exportieren zu können (über fbx z.B.)
Auch ist die CE3 in der Lage, Collada Dateien direkt umzuwandeln in das interne Format. Sollte dein Programm nach Collada exportieren können, sollte das auch gehen.
Allerdings meistens nur für statische Objekte. Animierte und oft auch texturierte Objekte bedürfen einer exakten Struktur der Collada Datei, welche man oft nur über Plugins für das jeweilige Programm erreicht.
http://freesdk.crydev.net/display/SDKDOC3/Art+Pipeline