Ich nehme mal an, die CryNet Organisation nimmt in Crysis 2 etwa die Form einer Umbrella Corporation aus RE an.
Sie haben den NanoSuit entwickelt (steht im NanoSuit 2.0 Prospekt) und haben die Söldner angeheuert ("Crynet Ops Infantry", egal wie sie später heißen, Crynet sagt aus, dass die Söldner aufjedenfall zu denen gehören).
Wahrscheinlich ist die CryNet Organisation auch schon relativ mächtig und wurde von der Regierung beauftragt, die Alien Invasion zu stoppen.
Warum man sie als Spieler jetzt bekämpft, da kann ich nur raten, man könnte aber ähnliche Motive wie Alice aus RE haben: Man hat früher für sie gearbeitet (Crysis 1), aber mit der Zeit erkannt, dass sie es vielleicht nur auf die Alien Technologie abgesehen haben oder etwas ähnliches und daher kämpft man jetzt gegen Söldner und Zombies (ups ich meine Aliens ) .
Alles nur Vermutungen
PS: Falls man wirklich Prophet spielen sollte, würde das auch besser zu meiner Storyidee passen, er ist ja schon in Crysis 1 desertiert und wird daher wohl nicht mit offenen Armen empfangen werden...