Den Gedanken hatte eigentlich schon so ziemlich jeder hier .
Allgemein würde ich aber davon ausgehen, dass Prophet in dem Alien-Labor Gehirnscans unterzogen wurde, um unsere Anatomie und geistige Entwicklung zu ergründen.
Dabei ist wohl Folgendes passiert:
Er konnte bei der Verkoppelung mit dem Schiff auf deren Datenbank zurück greifen. Daher das Wissen über die Technik.
Hätten die Aliens gedacht, er solle als Spion arbeiten, dann hätten sie ihm doch wohl nicht eine ihrer Waffen in die Hand gedrückt, sondern eine der vielen Waffen, die sie in ihrem Schiff zum Forschen bunkern oder die überall um das Schiff im Schnee liegen.
Er hätte ausserdem im Labor nicht erwähnt, dass die Atombombe den Aliens nicht schaden würde. Hätten die die Atombombe auf seinen Vorschlag hin nicht gezündet, dann hätten die Aliens ja den Energie-Schub nicht gekriegt.

Richtig wissen werden wir es aber erst in Crysis 2 oder 3.