Beim Konvertieren von FAT32 in NTFS entsteht im Normalfall kein Dateiverlust. Konvertiert man die Systempartition muss allerdings das Betriebsystem einen Neustart durchführen um Systemdateien in die Konvertierung miteinzuschließen.

Ein Backup empfiehlt sich aber dennoch - Sicher ist sicher.

Zusatzinfo FAT32 ist ein Dateisystem mit dem Linux umgehen kann - FAT32 wurde unter anderem genutzt von Win95, 98 NT ... usw.
Linux benutzt Dateisysteme wie ReiserFS und andere "Exoten"