Kenn mich mit dem Crysis 2 Editor noch nicht so aus, aber wird ähnlich wie beim Crysis 1 Editor sein.

1. Du solltest nur das Hauptmaterial auswählen und dann auf Assign to Selection klicken, nicht ein Submaterial, sonst wird es nicht gespeichert. Um dann auf dem Solid das Submaterial anzeigen zu lassen, gehst du auf Brush -> UV Mapping Tool und tippst rechts in der Rollupbar bei Face Material deine MaterialID (vom Submaterial) ein, nachdem du das gewünschte Face ausgewählt hast und drückst assign.

3. Der Spawpoint befindet sich bei Crysis 1 Editor unter Entity -> Others -> Spawnpoints