Jippieh! Jetzt hats geklappt. Es lag wohl daran, dass ich Areas hatte, die überwinkelt waren. Hab einfach nochmal auf Generate all navigation geklickt, mir die Fehleranzeige genauer angeschaut
und die entsprechenden Areas verändert.
Danach hat das Berechnen auf einmal viel länger gedauert und es wurden massig Fehler angezeigt, von Objekten, die auf der Linie liegen.
Aber auf jeden Fall gehts auf dem Weg.