Ja, es könnte sein, dass die fps bei aktuellen Systemen eventuell in den Keller gehen, aber nicht beim Setzen von Waypoints (was übrigens -die meiner Meinung nach- einfachste Methode ist), so wie Du das gemeint hast.
Aber man konnte doch sehr schön sehen, dass die fps im CE2 Editor immer über 30 zu liegen schienen, darum würde ich mir keine Sorgen machen, solang man mit einem leistungsfähigem Dualcore bediehnt ist.