Spiele und Programme sowie Windows immer auf die interne HDD, Filme, Musik, Images etc alles auf externe. So würd ichs amchen, denn USB HDDs sind einfach viel langsamer als interne. Merkst dann an der Ladezeit/an evtl. Rucklern.
Externe HDDs die schnell sind haben entweder einen IEEE1394 (Firewire) oder einen eSATA anschluss. Die sind dann quasi fast genauso schnell wie interne HDDs.