Ist bei mir auch schon mal nach einem Editorabsturz passiert.
Wenn das reine Neustarten des Editors nicht hilft,musst du wohl auf deine
.bak - Dateien zurückgreifen. Die findest du in deinem Levelverzeichnis.
Jedesmal wenn du im Editor dein Level speicherst, benennt er die letzte .cry datei in .bak um.
Benenne also deine levelname.bak in levelname.cry um und du hast die vorletzte gespeicherte Version. Dann wohl auch mit FlowGraphs.

Hoffe das war nachvollziehbar