"chkdsk" schadet nie, würde ich sagen. Empfehlenswert wäre allerdings der vollständige, aufwändige Modus (CHKDSK /F, glaube ich), der aber auch mal Stunden dauern kann.

Kann es sein, dass bei den Updates das SP1 dabei war?

Denn: http://support.microsoft.com/kb/329293/de
Wäre ein ziemlicher Krampf, aber naheliegend.