Das selbe Problem hatte ich früher auch
Wenn man bereit ist Kompromisse einzugehen kann man das Problem ganz einfach lösen (zumindest hat es bei mir geholfen):
Der Regen im letzten Level zieht Leistung. Setze e_particles_lod=1 einfach mal auf e_particles_lod=0.5

Setze außerdem sys_LowSpecPak=1 in deine autoexe.cfg rein.

Das setzt die Qualität mancher Effekte und die Auflösung der Texturen etwas zurück, aber nicht so sehr das es wesentlich schlechter aussieht oder auffällt.
Also bei mir hat das geholfen, bei dir vielleicht auch. Bei mir läuft jedes Level im Schnitt mit 30 fps, auch beim Endgegner.

Mfg