Ich hab grad n bissle rumprobiert und festgestellt, dass die Auflösung wieder auf 1280 x 960 zurückgestellt wird, was wohl auch dein Problem ist. Jetzt habe ich aber die game.cfg schreibgeschützt und siehe da: Die Auflösung wird nicht mehr zurückgesetzt.

Also:
Auflösung in der game.cfg unter Eigene Dateie/MyGames/Crysis ändern, sicherstellen, dass alle anderen Optionen so sind wie du es willst, speichern, rechtsklick auf die Datei, Eigenschaften auswählen, einen kleinen Hacken bei "Schreibgeschützt" machen, Ok drücken und fertig.